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제주항공은 2005년 애경그룹과 제주특별자치도가 합작해 설립한, 대한민국 최초의 저비용항공사(LCC)다. 저비용 고효율 기단체제를 갖춰 제주도의 항공교통수단을 개선하고 제주도민·관광객의 여행 편의를 높이는 한편, 기존 항공사가 운항하지 않던 틈새시장을 개발해 국내 항공시장 저변을 넓히고 지방공항 활성화에도 기여하겠다는 목표로 출발했다. 이런 합리적 가격정책을 통해 항공 여행의 대중화를 이끌며 명실상부한 국내 'No.1 LCC'로 자리매김해왔다. 서울 김포공항과 인천공항, 제주공항을 주요 거점으로 운항하고 있으며, 2025년 상반기 기준 약 3000여명의 임직원이 근무하고 있다. 다만 제주특별자치도의 지분율은 시간이 지나며 점차 줄어, 한때 2대 주주였던 위치에서 현재는 3%대 지분의 3대 주주로 내려앉았고, 대신 국민연금이 2대 주주로 올라섰다.
제주항공은 2024년 12월 발생한 전남 무안국제공항 참사 이후 안전 관리를 위해 한동안 노선 공급을 크게 줄였고, 이 영향으로 2025년 실적이 크게 악화됐다. 2025년 매출액은 1조5799억원으로 전년(1조9358억원) 대비 18.38% 줄었고, 영업이익은 전년 799억원 흑자에서 2025년 1109억원 손실로 적자 전환했으며, 순손실도 1436억원에 달했다. 운항횟수는 2024년 8만656편에서 2025년 7만5360편으로, 탑승객은 1334만명에서 1223만명으로 각각 줄었다. 다만 2025년 4분기에는 186억원의 영업이익을 내며 네 분기 만에 흑자로 돌아섰고, 이런 회복세는 2026년 들어 더욱 뚜렷해져 1분기 매출 4982억원(전년 동기 대비 36.5% 증가), 영업이익 644억원(흑자 전환), 당기순이익 122억원을 기록하며 2개 분기 연속 흑자를 달성했다. 1분기 탑승객 수는 331만여명으로 국적 LCC 가운데 1위, 탑승률도 국적사 평균을 웃돌았다.
제주항공은 차세대 항공기 B737-8을 도입하는 등 기단 현대화를 통해 연료비 절감 효과를 노리는 한편, 노후 항공기 매각·반납과 호텔사업 자산·IT 자회사 지분 처분 등을 통해 약 2500억원 규모의 유동성 확보에 나서고 있다. 코로나19 기간 누적된 손실과 높은 부채비율(2025년 말 부채총액 2조758억원)을 덜고 대외 변수에 대응할 현금 체력을 확보하려는 조치로 풀이된다. 2026년 12월 대한항공-아시아나항공 합병, 2027년 LCC 3사(진에어·에어부산·에어서울) 통합으로 국내 항공 산업의 공급 과잉이 일부 해소될 것으로 전망되는 가운데, 경쟁이 치열한 중단거리 노선에서 제주항공도 수혜를 기대하고 있다. 한편 2026년 3월 뉴욕타임스는 무안공항이 활주로 공사비 절감을 위해 로컬라이저 구조물을 부러지기 쉽지 않은 콘크리트로 지었다는 감사 결과를 보도하며 참사 원인에 대한 논의가 계속되고 있다.
